EMPIAR-12949 - Cryo-electron micrographs used in SPA reconstruction of translating Escherichia coli 70S ribosome bound to mRNA, P-site QKF-peptidyl-tRNAPhe, glycyl-tRNAGly in A/T conformation, EF-Tu-GDP, and bottromycin at 2.01A resolution [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

EMPIAR-12949

Cryo-electron micrographs used in SPA reconstruction of translating Escherichia coli 70S ribosome bound to mRNA, P-site QKF-peptidyl-tRNAPhe, glycyl-tRNAGly in A/T conformation, EF-Tu-GDP, and bottromycin at 2.01A resolution [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

Publication:

Sequence-specific trapping of EF-Tu/glycyl-tRNA complex on the ribosome by bottromycin

Travin DY, Basu RS, Paranjpe M, Klepacki D, Zhurakovskaya AI, Vázquez-Laslop N, Mankin A, Polikanov YS, Gagnon MG

Nature (---)

Related EMDB entry:

EMD-72204

Deposited:

2025-08-12

Released:

2026-11-12

Last modified:

2026-11-12

Imageset size:

3.24 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12949

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame

Image Sets

1. Raw multi-frame cryo-electron micrographs used in SPA reconstruction of translating Escherichia coli 70S ribosome bound to EF-Tu (GDP), glycyl-tRNAGly and Bottromycin

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

18240

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.8319, 0.8319)

Details:

---

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Gain reference image for uploaded unaligned micrographs

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.8319, 0.8319)

Details:

---

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

CryoET-DDM: restoring high-fidelity signals in cryo-electron tomography via a data-driven diffusion model.

Wang X, Li F, Zhang C, Tang S, Jia Z, Hu B, Zhang F, Wan X. (2026)

CryoTriplane: triplane-based neural radiance field representation for high-resolution cryo-EM 3D homogeneous reconstruction.

Cheng Y, He B, Zeng Q, Zhang F, Han R. (2026)

CryoMV: Structure-Prior-Guided Modeling and Real-Particle Validation of Continuous Conformational Transitions in Cryo-EM

Li F, Dong H, Tang S, Wang X, Zhang C, Ji C, Han R, Zhang F, Wan X. (2026)

Structural identification of the RY12 domain of RyR1 as an ADP sensor and the target of the malignant hyperthermia therapeutic dantrolene.

Kim K, Li H, Yuan Q, Melville Z, Zalk R, des Georges A, Frank J, Hendrickson WA, Marks AR, Clarke OB. (2026)

Structural heterogeneity of CTE Type I tau filaments with an interface-shifted polymorph.

Watanabe R, Lee EB. (2026)

Post-acquisition super resolution for cryo-electron microscopy.

Burton Smith RN, Murata K. (2026)

Structural heterogeneity of CTE Type I tau filaments with an interface-shifted polymorph

Watanabe R, Lee EB. (2026)

Agentic cryo-EM structure determination with CryoPilot

--- (2026)

Ligand-induced activation of RyR1 in native membranes.

Mikirtumov V, Golusik S, Huo R, Sprink T, Balyschew N, Yang W, Diebolder C, Yuan S, Kotecha A, Kudryashev M. (2026)

QwenCryoMarker: a universal post-processing framework for contamination-aware particle cleaning.

Sun Y, Zhao J, Xu N, Wang L, Ding W, Li M. (2026)

See all citations

Protein Data Bank Japan News

[2026-11-11]

273件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-11-11付）

[2026-10-21]

ICBBS2026にてランチョンセミナーを開催します

[2026-10-20]

[wwPDB] PDB 55周年

[2026-10-19]

日本結晶学会２０２６度年会にてランチョンセミナーを開催します

[2026-10-15]

[wwPDB] 構造生物学のオープンアクセスを支えた55年

[2026-09-08]

大阪大学共創DAY＠EXPOCITY2026『知が交わるミライが動く』に出展します

[2026-08-25]

[wwPDB] 金属を含むPDBエントリーおよびCCDの修正改良

[2026-08-16]

[wwPDB] PDBベータアーカイブへの移行について短縮URLをご利用ください

[2026-08-10]

[wwPDB] 構造解析ソフトウェアパッケージからwwPDB PDBおよび3DEM Core Archivesへ構造を直接登録できる新しいツール

[2026-07-30]

2026年日本バイオインフォマティクス学会にてランチョンセミナーを開催します

See all news