EMPIAR-11681 - Cryo-EM structure of yeast SWR1C subunit Swc5 bound to the nucleosome [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

EMPIAR-11681

Cryo-EM structure of yeast SWR1C subunit Swc5 bound to the nucleosome [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

Publication:

Dual engagement of the nucleosomal acidic patches is essential for deposition of histone H2A.Z by SWR1C

Baier AS, Gioacchini N, Eek P, Leith EM, Song T, Peterson CL

eLife (---)

DOI: 10.7554/eLife.94869.2

Related EMDB entry:

EMD-41852 EMD-41853 EMD-41851 EMD-41839

Deposited:

2023-09-05

Released:

2024-06-06

Last modified:

2024-06-06

Imageset size:

6.53 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11681

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
picked particles - multiframe - processed

Image Sets

1. Unaligned multi-frame micrographs of Swc5/nucleosome complex

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

13855

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.394, 0.394)

Details:

Voltage 300 keV, Cs 2.7 mm, total dose 50 e-/Å^2, super-resolution pixel size 0.394 Å/px. The TIFF movies are not gain-corrected, the gain-reference image for the dataset is SuperRef_stack_00000_X+0Y-1-1.dm4 and gain.mrc.

Files:

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2. High-resolution particles obtained after filtering with random-phase 3D classification

Category:

picked particles - multiframe - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

974026

Image size:

(216, 216)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.182, 1.182)

Details:

Selected particles obtained after multiple rounds of heterogenous refinement against a low-pass filtered reconstruction. Particles were extracted from motion-corrected micrographs that were f-cropped by factor of 1/2. Extraction box size 324 px Fourier cropped to 216 px. These were used for final 3D classification and refinement. The 3D classes are listed as star-files in data/classes.

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